Master/PhD-kurs ved Universitetet i Oslo:
BIOS4215 – Evolusjon og systematikk i utvalgte grupper: dyreriket
Dyreriket står for den desidert største andelen av jordens biologiske mangfold, og de har okkupert alle habitater på jorden, inkludert andre organismer. I dette emnet vil vi presentere den nyeste kunnskapen på tvers av ulike dyregrupper når det gjelder utviklingen av deres mangfold og adaptive løsninger på lignende økologiske utfordringer i ulike grupper. Utviklingen av disse egenskapene vil bli sett i sammenheng med nyere kunnskap om dyrenes fylogeni og taksonomi. I dette emnet vil det bli lagt spesiell vekt på grupper som er etterspurt av de deltakende studentene, samt på samlingsbasert arbeid slik det utføres på et naturhistorisk museum. Emnet vil derfor også inneholde undervisning om karrieremuligheter som samlingsforvaltning eller utstillingsutvikling.
Lærer fra vår gruppe:
Torsten H. Struck (kursansvarlig), Lutz Bachmann, Vladimir Gusarovy, James Fleming, Alberto Valero-Gracia & Ana T. Capucho
BIOS5114/BIOS9114 – Molekylær evolusjon
Kurset tar for seg prinsippene for evolusjon av DNA og genprodukter samt bruk av genetiske data i evolusjonære studier av organismer. Det inkluderer en teoretisk innføring i viktige evolusjonære prosesser i det eukaryote genomet og genomkomponenter. I tillegg har kurset en praktisk komponent med undervisning i molekylære teknikker, bioinformatikk og evolusjonær biostatistikk.
Lærer fra vår gruppe:
Lutz Bachmann (kursansvarlig) & Marianne Nilsen Haugen
BIOS5214/BIOS9214 – Biogeografi og biodiversitet
Dette kurset tar for seg den geografiske utbredelsen av taxa og populasjoner på global og regional skala og prosessene som har gitt opphav til disse.
Lærer fra vår gruppe:
Vladimir Gusarov (kursansvarlig) & Torsten Struck
ForBio forskerskole kurs:
Phylogenomikk
Fremskritt innen høykapasitetssekvensering og genomikk har revolusjonert forskningen innen evolusjonsbiologi og systematikk. Bruken av genomdata i fylogenetiske analyser har ført til nye utfordringer når det gjelder datahåndtering og analyse. Dette kurset tar sikte på å hjelpe de som har grunnleggende erfaring med bioinformatikk og molekylær fylogenetikk, og som har prosjekter med fokus på høykapasitetssekvenseringsdata og fylogenetikk, til å bli kjent med verktøy, programmer og pipelines for fylogenomikk og ønsker å gjennomføre fylogenomiske studier utover standarden, og også adressere potensielt konfunderende skjevheter i datasettene sine.
Lærer fra vår gruppe:
Torsten H. Struck (kursansvarlig) & James Fleming
Smithsonian Workshop:
Smithsonian Marine Station (SMS) Meiofauna Diversity and Taxonomy Workshop
Begrepet "meiofauna" refererer til bittesmå dyr som er i stand til å passere gjennom en maskevidde på ca. 0,5 mm. Mange meiofauna-dyr er interstitielle, noe som betyr at de graver seg ned i marine sedimenter. Meiofaunaen omfatter flere hele dyregrupper (f.eks. kinorhynchier, gastrotrichier og gnathostomulider), store grupper av andre virvelløse dyr (spesielt leddormer, nematoder, ringormer og flatormer) og miniatyriserte representanter for de fleste andre dyregrupper. Det er anslått at meiofaunale dyr står for halvparten av det biologiske mangfoldet i komplekse biotoper som korallrev, og det meste er knyttet til sedimenter. Mens det store mangfoldet av meiofauna på fylum- og klassenivå er velkjent, er mangfoldet på artsnivå i stor grad uutforsket og udokumentert. Noen anslår at bare antallet arter av meiofaunale nematoder som venter på å bli formelt navngitt, overgår antallet allerede beskrevne meiofaunale arter med to størrelsesordener. Morfologiske studier av meiofauna har ført til banebrytende innsikt i deres evolusjon, tilpasning og funksjonelle biologi (f.eks. klebe- og sansestrukturer), samt grunnleggende innsikt i utviklingen av de store dyregruppene i livets tre. I den senere tid har fremskritt innen molekylærbiologi, fra DNA-strekkoding til metabarcoding og helgenomsekvensering, satt fart i studiet av alle aspekter ved meiofaunaens biologi.
Instructors from our group:
Torsten H. Struck
UiO:Livsvitenskap Sommer Prosjekter:
UiO:Livsvitenskap har i flere år finansiert sommerprosjekter for studenter som er interessert i seks ukers prosjektbasert praksis. CEG-medlemmer har tilbudt flere muligheter i forbindelse med programmet de siste årene.
2023
Hooded seals (Cystophora cristata) of East Greenland (for én student)
Dette sommerprosjektet hadde som mål å generere mitokondriegenomsekvenser fra ulike vevsprøver og innsamlingsmateriale fra klappmyss. Dette inkluderte bioinformatisk sammenstilling av sekvensavlesninger fra høykapasitetssekvensering samt noe molekylært våtlaboratoriearbeid, dvs. ekstraksjon av genomisk DNA med høy molekylvekt, forberedelse av bibliotek og sekvensering ved hjelp av Oxford Nanopore Minion-systemet.
Prosjektledere: Pia Merete Eriksen & Lutz Bachmann
Sommerstudent på prosjektet: Stephanie Milne
2022
Assessing biodiversity in the marine algae belt in the Norwegian Seas (for to studenter)
Dette sommerprosjektet bidro til ArtsDatabankens prosjekt "Kartlegging av biologisk mangfold i det marine algebeltet". Studentene deltok på to ekskursjoner til Austevoll utenfor Bergen og til Tromsø. Der samlet de inn prøver fra tareskog, sjøgressenger og flekker med rødalger ved snorkling. I laboratoriet ble disse prøvene identifisert minst til familienivå for de aktuelle gruppene (Tunicata, Nemertea, Kamptozoa, Caprellidae, Spionidae og Serpulidae).
Prosjektledere: Ana Teresa Capucho & Torsten H. Struck
Sommerstudenter på prosjektet: Pia Merete Eriksen & Tengel Hvidsten Tjersland
2021
Assessing biodiversity in the marine algae belt in the Oslofjord (for to studenter)
Dette sommerprosjektet bidro til ArtsDatabankens prosjekt "Kartlegging av biologisk mangfold i det marine algebeltet". Målet med prosjektet var å kartlegge utbredelsen av arter som lever i det marine algebeltet langs kysten av Oslofjorden. Derfor samlet studentene inn prøver på utvalgte steder som dekket alle de tre habitattypene. Fra hvert habitat ble artene bestemt til art eller høyere taksonomiske enheter, og strekkoder for hver art ble generert. De innsamlede dataene fra disse tre habitatene ble sammenlignet med hverandre.
Prosjektledere: Ana Teresa Capucho & Torsten H. Struck
Sommerstudenter på prosjektet: Marianna Khodabandehlou & Sine Dagsdatter Hagestad
Museomics: Optimizing Mitogenome Sequencing of Herptile Type Material (for én student)
Prosjektet vil utforske amfibier og reptiler fra Naturhistorisk museum i Oslo genetisk - noe som vil gi verdifull erfaring fra våtlaboratorier, høykapasitetssekvensering, bioinformatikk og optimalisering gjennom arbeid med vanskelige DNA-maler. Inntil relativt nylig har zoologiske samlinger blitt samlet og utnyttet på grunn av den morfologiske variasjonen innen og mellom arter. Med neste generasjons sekvensering og forbedrede molekylære metoder har naturhistoriske samlinger blitt ideelle kilder til kuratert (dokumentert) materiale for å gjennomføre molekylære biodiversitetsstudier.
Prosjektledere: Rita M. Austin & Lutz Bachmann
Sommerstudent på prosjektet: Pia Merete Eriksen
2020
Assessment of biodiversity at beaches in the Oslofjord (for én student)
Målet med dette prosjektet var å kartlegge utbredelsen av arter som lever på strendene langs Oslofjorden, inkludert Bunnefjorden, indre og ytre Oslofjord. Derfor ble det samlet inn prøver fra utvalgte strender som ble behandlet i laboratoriet. Fra alle habitater ble artene bestemt til artsnivå eller høyere taksonomiske enheter, og strekkoder for hver art ble generert. Dataene fra de ulike strendene ble sammenlignet med hverandre og satt i forhold til miljødataene som finnes i Oslofjorden.
Prosjektleder: Torsten H. Struck
Sommerstudent på prosjektet: Mari Klaussen
Mitogenomics of Norwegian mud dragons (Kinorhyncha) (for to studenter)
Det sommerprosjektet skal ta sikte på å utvikle effektive amplifiseringsprotokoller for hele mitokondriegenomer fra norske arter og populasjoner av slamdrager. Til nå er nukleotidsekvenser av mitokondriegenomer for tre arter tilgjengelige i GenBank, og disse kan brukes til å designe primersett for amplifisering av mitokondriegenomer på tvers av kinorhynch-arter. Disse primersettene skal testes i laboratoriet, og den resulterende sekvensinformasjonen skal analyseres. De skal også brukes til å identifisere forekomsten av slamdrager i miljø-DNA-ekstrakter fra marine sedimenter.
Prosjektleder: Lutz Bachmann
Sommerstudenter på prosjektet: Vegard M. Alvestad & Morten Rese